生物工程系成立于2002年，现设有生物工程本科专业一个，该专业为北京市一流本科专业建设点。在研究生教育方面，拥有生物工程学术硕士学位授权点及生物与医药专业硕士学位授权点各一个。历经二十余年发展，尤其在“十五五”生物经济发展规划背景下，本系在生物农业、生物合成、生物质资源高值化利用等新一代生物制造领域形成鲜明特色与显著优势，通过工程化手段推动都市农业转型升级，并为社会持续输送生物领域的专业技术人才。

生物工程系师资队伍整体水平较高，所有教师均毕业于国内外知名高校并获博士学位或完成博士后研究，多人多次获得省部级及国家级教学与科研奖项。专任教师博士比例为100%，其中50%具备海外学习或研究经历。全系教师积极参与教学改革实践，不断探索多样化教学方法与手段，着力提升教学质量。近年来，共承担各级教改项目28项，获教学成果奖40项。现有教学团队3支，团队中含北京市优秀教师1名、北京市中青年骨干教师5名。专业主干课《植物生理学》和《基础生物化学》被评为北京市优质课程，《发酵工程》被评为国家一流课程。教师在北京市青年教师教学基本功大赛中获二等奖1人次，在9728太阳集团青年教师教学基本功大赛中获一等奖2人次。生物工程教学团队曾获评全国巾帼建功先进集体、北京高校优秀育人团队。专业教师中现有北京市科技新星1人，承担各级科研项目40余项，发表学术论文300余篇，其中SCI收录高水平论文近100篇；获授权国家发明专利40余项、国际PCT专利2项。

生物工程系与相关科研院所及行业龙头企业紧密合作，围绕社会与行业需求开展实习实践。主要实习基地包括中关村生命科学园、北京大兴生物医药产业基地、中国科学院、中国农业科学院、北京生命科学研究所、中牧集团、中粮集团、首农集团、大北农集团等。校企协同育人机制为学生实践能力与动手能力的培养奠定了良好基础。

毕业生可在生物育种、生物制品、都市型现代农林产业、食品工程、医药卫生、环境保护、生物能源等相关行业从事应用研究、技术开发、生产经营及行政管理等工作。主要就业单位包括中国生物制品研究所有限责任公司、北京科兴生物制品有限公司、北京天坛生物制品有限公司、中国食品药品检定研究院、军科华仞药物研究有限责任公司、北京万泰药业股份有限公司等。近年来，毕业生就业率始终保持在96%以上，行业内就业率超过60%，其中在北京地区就业的毕业生比例高于80%，为服务首都经济社会发展提供了重要人才支持。